经皮肾通道手术可采用俯卧位、仰卧位、改良的俯卧位和仰卧位以及侧卧位等。
俯卧位是经皮肾穿刺引流或经皮肾通道手术常规体位。俯卧位时使患侧垫高约20°~30°，患侧手臂屈肘置于托手板上，对侧手臂置于身体侧方，特别注意身体受压部位并加垫保护。该体位优势在于可提供较大的穿刺区域及操作空间，穿刺路径短而直。俯卧位可使后组肾盏处于垂直位，有助于穿刺，通过后组肾盏穿刺通常横越Brodel白线，可避开肾动脉的大分支血管，且患者肾脏固定，利于经皮肾穿刺及手术通道的建立，术中可用B超或X线定位便于穿刺点的选择。然而，俯卧位对于集合系统需要应用逆行途径进行造影显示或使用盐水进行扩张时，患者需先截石位逆行插输尿管导管，再改俯卧位操作，对于存在心肺疾病及肥胖患者，术中变换体位增加了手术风险，截石位改为俯卧位时，可使有效循环血量减少44%。为减少术中改变体位带来的风险，有学者使用改良俯卧位，加用腿架将患者双腿分开行经皮肾通道手术治疗上尿路疾病，还可同时行软性输尿管镜或膀胱镜逆行操作。俯卧位时，由于身体重力作用，胸腹部受压使胸廓活动变小及膈肌活动受限，导致患者呼吸运动受到一定影响；腹部受压使结肠相对向侧后方移位，而肾脏相对的向前移动，肾穿刺时损伤结肠风险增加，且在俯卧位时不利于术中麻醉监护。另外，俯卧位时穿刺针或穿刺通道与患者体表呈一定的夹角，PCNL时不利于结石冲出，麻醉及手术时间延长，手术风险相对增加。若无法取俯卧位时，如强直性脊柱炎、严重脊柱前凸或后凸，可采用仰卧位或侧卧位。
仰卧位或改良仰卧位应用于经皮肾穿刺手术亦取得较好的疗效，但由于完全仰卧位时手术区域不能充分暴露，使得整个手术操作难度增大；因此对其进行了改进，即改良仰卧位。改良仰卧位大多是通过垫高腰部、肩部和臀部将患侧抬高20°~50°，甚至还可通过自制体位架将患侧抬高，部分还将患者下肢固定为截石位或半截石位。仰卧位或改良仰卧位可使患者更舒适，更符合人体生理体位，对循环、呼吸系统不会造成明显影响，甚至可避免术中体位变换，便于术中护理，利于术中麻醉监护，不易损伤结肠，利于老龄、有心肺功能障碍、肥胖、脊柱畸形患者的操作。有学者采用腰肋悬空仰卧位行PCNL治疗复杂肾结石，穿刺时可达到与俯卧位相似的穿刺区域，便于穿刺各组肾盏，且缩短了穿刺入路，镜体摆动受限小，可取得较传统仰卧位更高的清石率。还有学者使用斜仰卧截石位行PCNL，其体位摆放一次完成，省时且减少体位并发症，同时可利用输尿管镜建立人工肾积水并直视下经皮肾穿刺扩张，同期进行顺行和逆行手术操作。术中如发生大出血等情况，不需变换体位即可改开放手术。因此，对于需要同时逆行输尿管镜手术的患者，更适合采用仰卧截石位。然而仰卧截石位在经皮肾通道手术中也有其缺陷，该体位肾内压力降低，导致视野和手术操作受限而增加难度，且大部分泌尿外科医师对仰卧位不熟悉，需要接受仰卧位穿刺培训。
侧卧位虽可用于经皮肾通道手术，临床应用相对较少。患者健侧卧位，患侧朝上，垫高腰桥，头及下肢适当放低，以扩大肋骨与髂嵴间距离，便于暴露。采用侧卧位进行PCNL手术对脊柱后凸及病态肥胖的患者较俯卧位更安全。该体位的优点是手术时肾盂处于最低位，碎石大多集中在肾盂，且由于腰桥升起后导致肋弓与髂嵴间距增宽，可使俯卧位肋上穿刺点移至肋下，出现并发症时方便中转开放手术；缺点在于手术时肾脏移动度较大，手术并发症增加，术中操作通道与水平面夹角大，术中结石不易冲出，同时也存在体位不舒适感。
