即使对于最有经验的泌尿外科医师，PCNL严重并发症发生率也可达7%，而轻微并发症达25%。
出血是最重要的并发症，报道的输血率可小于1%，也可达10%。
出血风险与结石大小及手术时间呈正相关。在动静脉瘘或伪动脉瘤的出血中，不到1%的患者需要血管造影栓塞。其他可能的并发症包括感染（接近25%的患者术后体温>38.5℃）、邻近器官损伤（肠管、脾）、建立通道失败、肾盂及输尿管穿孔等。需开放手术极少，仅存在于早期的研究报道中。PCNL的死亡率在0.03%~0.8%。当上盏穿刺时，气胸或胸腔积液需要引流的发生率在1.8%~8%。医师的经验也影响手术并发症及结石清除率。
在开展PCNL初期，常考虑肾穿刺及经皮肾扩张建立通道会否损伤肾功能。
然而，虽然一些肾瘢痕沿着经皮通道形成，但很少甚至几乎不影响肾功能。因为肾是血管非常丰富的器官，各种程度的出血时有发生。明显的出血常导致差的视野，需中止手术。大多数出血均为静脉性出血，放置肾造瘘管可控制出血。如果放置造瘘管仍出血不止，夹闭造瘘管一段时间可填塞任何出血点。如果这些措施均不能控制出血，需放置球囊造瘘管，可增加压力达到填塞经皮通道里的出血点。如果此法仍不能止血，需立即肾动脉造影明确可能存在的动静脉瘘或假性动脉瘤。造影具有诊断性及治疗性的双重作用，因为动静脉瘘或伪动脉瘤均可通过血管介入栓塞达到很好的止血；只有极少数患者介入栓塞失败需切除肾。
PCNL常导致灌注液体的回流重吸收，因此使用生理盐水灌注非常重要。
重吸收的量依赖灌注压力及手术时间，因此需常规使用通道鞘。肾盂集合系统穿孔将导致大量的灌注液体的重吸收。外渗常发在腹膜后组织，X线下可见肾的异常移位。当低压灌注时，轻度穿孔比较常见，此时不需提前终止手术。但是，当穿孔增大，建议终止手术并给予造瘘管引流。腹腔内外渗更少见，但是比腹膜后外渗更严重。尽管麻醉师通常会注意患者的舒张压逐渐上升，脉压差减小和中央静脉压力增加，但因患者俯卧位，腹部膨胀常很难发现。在严重的病例，因腹压的影响，通气可能较困难，及时早期发现腹腔外渗非常重要。
在标准的经皮肾鞘的临床使用前，推荐计算出水及进水量，当相差500 ml以上时，手术需终止。尽管如此，当通道鞘的使用后，不需要严格控制灌注平衡。腹腔内外渗可通过利尿治疗，也可选择性的通过腹膜引流。
当肋上穿刺时，可能发生灌注液外渗至胸膜腔。当使用工作鞘时，可能会减少肾内压力而减少外渗。当肋上穿刺的患者PCNL手术结束时应该检查胸部情况。C-臂机下X线足以评估气胸。当医师高度怀疑胸部并发症，术后可行胸片检查。如果气胸或胸腔积液超过10%，闭式引流一般可以治疗，因为肺损伤极少发生。
结肠肠损伤是PCNL术罕见的并发症，通常通过术后造影或CT检查明确诊断。
虽然气体或不洁的物质可以通过肾造口、术中腹泻、便血或腹膜炎都可能是结肠穿孔的迹象。典型的结肠损伤为腹膜后损伤，腹膜炎的体征是不明显的；如果为腹膜外穿孔，可通过放置输尿管导管、双J管减少集合系统的压力。将肾造瘘管置于结肠内，给予禁食及静脉抗感染治疗。7~10 d后做结肠造影，如结肠内壁瘘口已愈合，可分步退出肾造瘘管。
本文引自《坎贝尔-沃尔什泌尿外科学》第11版中文编译版
